Просто выполните makemigrations после изменений моделей. В приложении будет создана начальная миграция. Теперь выполните python manage.py migrate --fake-initial , Django увидит начальную миграцию, и что таблицы, которые необходимо создать, уже существуют, и просто пометит миграцию как уже выполненную.